一、業者申請輸出植物檢疫，須具備以下文件向本分局提出申請：
2.價格証明如商業發票等。
3.其它相關文件如國貿局核發之國際貿易輸出許可證（CITES），農委會輸出許可文件，輸入國輸入許可證。
二、臨場檢疫：
依業者申請之時間、地點，派員臨場檢疫。除核對產品種類、數量及病蟲害發生情形等外，一般仍需配合輸入國植物檢疫法規施行（予以必要之檢查或檢疫處理措施，以協助該產品順利通關）。
※常見輸出至各國之該國檢疫規定如下：
1.輸往香港之切花、供消費用果實類（包括新鮮及供加工蜜餞乾燥或罐裝者）、供消費用蔬菜類（包括可供食用塊根、塊莖、球莖等）、榖類、豆類、種子類及供食用或工業用香料、木材及木材產品（包括籐條及竹）等植物或其產品，無須預先申請輸入許可。
2.香港、新加坡雖有實施植物檢疫之規定，但輸入之鮮果、切花、蔬菜無須在輸出地辦理輸出檢疫，可逕行輸入。
3.加拿大規定，非供繁殖用之菊花切枝可允許輸入，惟須經該國植物檢疫，菊花植株或其植株之一部份供為繁殖用者，須先取得輸入許可証後始得輸入。
4.美國農部動植物健康檢驗署提供國產蔬果可銷美清單，在輸美前需先取得輸入許可証明，在未取得美方輸入許可証前，准予申報檢疫合格後輸出，惟需在輸出植物檢疫証明書附記欄註明「輸入許可證正申請中」，並予出具切結後發證。
5.外銷經高溫處理之乾菸葉，除日本應辦理輸出檢疫外，其餘國家地須區，均可免辦輸出檢疫。
6.植物或其產品，除應經過適當清潔或藥劑消毒、滅菌處理外，仍需配合辦理輸出檢疫，但如因輸入國有特殊檢疫規定或因業者請求者，業者應當配合相關檢疫處理。
7.輸出植物或植物產品經檢疫符合輸入國植物檢疫規定者，即予放行。輸出產品未列應施檢疫範圍之植物或植物產品，如輸入國要求檢疫時，仍應配合辦理檢疫。
8.植物或植物產品其重量若未超過十公斤，可至本分局申辦植物檢疫卡；若超過十公斤，則須申辦輸出植物檢疫證明。加拿大及荷蘭植物保護署表示不接受我國檢疫卡。
9.美國農部規定Echinochola、Eleusine、Panicum、Pennisetum、Setaria 及Ipomoea等屬植物種子禁止自他國輸入。
10.輸往馬來西亞之任何植物皆事先須取得馬國輸入許可證，違法業者將被處六個月﹙含﹚以下有期徒刑或罰鍰。
