政府為健全國內動植物防疫檢疫制度與管理體系，加強輸出入動植物及其產品之檢疫，並強化重大疫病蟲害之防疫措施，促使防疫檢疫事權統一，行政院乃將原分隸經濟部所掌理之檢疫業務，調整轉移農業委員會主管，並於八十七年八月一日奉准成立動植物防疫檢疫局，下設基隆、新竹、臺中及高雄四個分局，專責動植物防疫檢疫工作，加強國內重大病蟲害防治及有效防杜國外疫病蟲害入侵。目前本分局設置於台中市，並於台中港、臺中航空站、嘉義市及澎湖馬公市各設立檢疫站一處，執行轄區內進出口動植物及其產品檢疫與屠宰衛生督導業務。
本分局轄區包括台中市、彰化縣、南投縣、雲林縣、嘉義縣市及澎湖縣等七縣市。區內生產花卉、苗木及果蔬名聞遐邇；鬃羽類等畜產品亦頗負盛名。為因應轄內業者拓展產品外銷，符合輸入國檢疫要求，執行之檢疫業務，厥為重點工作之一。又台灣為「東方果實蠅」及「瓜實蠅」等國際性檢疫害蟲疫區，鮮瓜果類產品受外國檢疫限制，無法拓展外銷。本分局為突破輸入國之檢疫限制，經積極研發蔬果檢疫殺蟲技術，近年來，已開發荔枝、柑桔、葡萄、楊桃、文旦、白柚及木瓜等多種水果之檢疫殺蟲技術，對促進蔬果外銷，紓解產銷平衡壓力，助益良多。近來台中港貨品吞吐量大幅成長，檢疫業務驟增，且因位居兩岸直航之地理樞紐，未來肩負之責任更形重大。為維護國內農產生產安全，防範外來疫病蟲害入侵，全體同仁秉持敬業精神及專業技術，全力與赴，克盡職責，以完成動植物防疫檢疫任務。
臺中分局轄區
臺中分局外觀
