一、「海峽兩岸農產品檢疫檢驗合作協議」重要內容
「海峽兩岸農產品檢疫檢驗合作協議」於98年12月22日第4次江陳會談完成簽署，並於99年3月21日正式生效，提供兩岸農產品貿易檢疫檢驗的聯繫溝通平台。透過本協議可請大陸提供輸入檢疫檢驗標準、程序、法規、技術交流及會商等，協助解決我國農產品輸銷大陸之檢疫檢驗問題，另藉由考察參訪機制，讓大陸瞭解我國之供果園登錄及安全管理體系，符合基準者，享有便捷檢疫檢驗等快速通關優惠措施，對提昇我國外銷大陸農產品之到貨品質，相當具有效益，重要內容如下：
一、 雙方本著互信互惠原則，在科學務實的基礎上，加強檢疫檢驗合作與交流，協商解決農產品貿易中的檢疫檢驗問題。
二、 建立業務會商、研討、互訪、考察及技術合作機制，並相互提供檢疫檢驗規定、標準、程序等訊息查詢。
三、 加強農藥及動物用藥殘留等安全衛生標準交流，協調處理標準差異問題。
四、 建立檢疫檢驗證明文件核查及確認機制，防範偽造、假冒證書行為。
五、 及時通報進出口農產品重大疫情、安全衛生事件訊息、截獲的有害生物、檢出的有毒有害物質及其他不合格情況。
六、 建立重大檢疫檢驗突發事件協處機制，及時通報，快速核查，緊急磋商，並相互提供協助。
七、 建立農產品安全管理追溯體系，對確認符合檢疫檢驗要求的農產品，實施便捷的進口檢疫檢驗措施。
八、 建立官方聯繫機制，協議議定事項由雙方檢疫檢驗業務主管部門指定的聯絡人相互聯繫實施。
二、如何推動「海峽兩岸農產品檢疫檢驗合作協議」
（一）對內:
1.為落實執行協議議定事項，防檢局已召集衛生署食品藥物管理局、農委會國際處、畜牧處、農糧署、漁業署及農業藥物毒物試驗所等機關(單位)成立工作小組，目前已召開四次工作小組會議，一次業務執行會議；另遇緊急事件時，則召開臨時會議因應。
2.工作小組下依業務屬性設綜合企劃、動物產品檢疫、植物產品檢疫、檢驗與標準等4個分組，由相關業務權責單位負責推動各項工作，視業務需要不定期召開研商會議，目前已各召開三次動物產品檢疫分組及一次植物產品檢疫分組會議；同時依據業者之需求，舉開業者座談會。
（二）對外：
1.在協議架構下，現已由防檢局與大陸國家質量監督檢驗檢疫總局（簡稱質檢總局）指定的聯絡（繫）人建立常態性的聯繫機制，平常主要以傳真案件及電話聯繫。
2.雙方並於99年4月及9月分別在大陸杭州及福州舉行第一及第二次兩岸業務主管部門工作會商，就協議後續執行交換意見，達成多項共識。另遇有緊急事務，雙方可協商召開臨時工作會商。
3.雙方同意每年輪流舉辦研討會，99年9月已在大陸福州舉辦「第3屆兩岸農產品檢疫檢驗研討會」，雙方分別由農委會黃有才副主任委員及質檢總局魏傳忠副局長率團，雙方農產品檢疫檢驗專家近110人與會，就動植物檢疫作業程序、電子檢疫證書執行現況、活動物隔離檢疫、農藥及動物用藥管理等議題發表專題講演。
三、「海峽兩岸農產品檢疫檢驗合作協議」執行成效
（一）檢疫檢驗業務聯繫、訊息查詢、回覆及不合格案件通報：截至100年3月11日止雙方已查詢、通報、訊息回覆及聯繫案件累計244件，包括檢疫不合格案件通報134件，產品輸入及檢疫規定查詢33件，訊息回覆案54件，以及業務聯繫案23件，協助解決業者及農民農產品檢疫檢驗通關等問題，有效創造雙贏之農產品貿易環境。
（二）協助台灣優良產畜禽產品申請輸銷大陸：99年9月於協議第二次工作會商結論，已有5家台灣調製豬肉、加工禽品及禽蛋業者在檢疫風險可接受水平下獲同意輸銷大陸，雙方並就台灣輸往大陸之加工畜禽產品檢疫證明書備註內容進行磋商，經密集電話及傳真聯繫，陸方已回復全數同意5家廠商所提3大類15項產品，自本年2月1日起由北京、上海及廈門口岸進口至大陸，有關前述產品之通關事宜目前委由財團法人中央畜產會積極協助辦理中。
（三）協助台灣鮮果申請輸銷大陸：鮮梨部分已完成初步檢疫准入之評估，並已補充風險評估資料復審中。為能於本年產季順利輸銷大陸，已請陸方將鮮梨法規修正預告與實地考察同步進行，並將安排陸方專家於梨產期（約本年4-5月）來台考察。另鮮葡萄及荔枝已向陸方申請檢疫准入，目前尚在進行風險評估。
（四）洽請大陸針對臺灣可輸銷大陸之22項水果增訂殘留農藥安全標準： 22項水果中我國所訂定之殘留農藥安全標準有657項，遠多於大陸所訂的161項標準，已透過本協議之協商機制，請其增訂殘留標準及建議參採台灣所訂標準，並同意在未完成制定標準前，暫採國際食品法典委員會（CAC）或台灣標準做為輸入檢驗之依據。另大陸於99年4月成立國家農藥殘留標準審評委員會，規劃於3年內將現行807項農藥殘留標準增加至7千餘項，並將針對台灣水果優先訂定。
（五）建立考察確認制度及便捷的檢疫檢驗措施：雙方同意以鳳梨作為台灣農產品輸往大陸實施便捷檢疫檢驗措施之示範作物，預訂於本年邀請陸方專家來台實地考察，以爭取便捷檢疫檢驗通關之優惠。如運行順利再透過聯繫機制協商形成制度後，規劃逐步推廣至其他品項。
四、結語
未來執行重點將持續透過已建立之兩岸官方聯繫機制，落實推動協議議定事項，積極聯繫追蹤各重要案件之執行進度，並加強動植物疫情、檢疫檢驗資訊的獲得，以掌握與瞭解其疫情、衛生安全事件及法規資訊，以事先採取因應措施，防杜可能的疫情傳播。全力協助國產農產品之拓銷，解決雙方農產品進出口貿易之檢疫檢驗問題，減少進出口業者及農民損失。