動物檢疫是在國際交通港站防止境外動物疫病入侵的一種積極措施。在輸入方面為防杜外來動物傳染病病原之侵入，保護國內農畜生產之安全，增進畜牧業之發展與維護公共衛生等。在輸出方面，則避免動物疫病傳播國外，確保產品在國際市場上之信譽，從而發展國際貿易。

• 辦理輸入動物及其產品之檢疫及處理措施。 
   
• 執行必須隔離留檢動物（如牛、羊、豬、犬、貓、馬、鹿、雞、鴨等）之隔離檢疫措施。
   
• 辦理輸入肉品檢查。
   
• 實施國外檢疫與查證制度，派員查證輸出國動物疫病發生與防治、肉品檢查制度及輸出檢疫處理作業。
   
• 配合輸入國之檢疫法規，辦理輸出動物及其產品檢疫。
   
• 強化國外動物檢疫病之監測與預警系統及風險分析。
   
• 配合動物疫情資料，研訂(修)動物及其產品檢疫條件及措施，配合相關主管機關查緝動物及其產品走私行為。