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動植物防疫檢疫局之施政願景，在積極建構健全的動植物防疫檢疫體系，及建立農畜禽產品衛生安全的檢驗體系，推動國內重要動植物疫病蟲害的防治，並防杜外來疫病蟲害的傳入，以確保我國農業生產之安全，並維護國內的自然生態環境以及動植物和人類之健康。為實現上述施政願景，本局未來發展目標如下：
一、推動健康農業，保障民眾飲食安全
（一）建立農產品安全無縫管理體系，提升農業用藥品質及管理，推動作物群組化農藥延伸使用制度；落實屠宰衛生檢查，確保消費者權益。
（二）健全動植物防疫檢疫體系，推動口蹄疫防除措施，防杜重大疫病蟲害入侵；強化農林漁牧四大產業疫病偵測，做好疫情通報與防治措施，維護良好農業環境。
（三）落實推動兩岸農產品檢驗檢疫協議，有效解決檢驗檢疫通關問題，提昇農產品外銷實績。
二、打造卓越農業，領先科技布局全球
（一）提升動植物防疫檢疫技能，整合推動動植物生產管理與生產醫學，以預防、控制動植物疫病蟲害。
（二）強化動植物有害生物監測及診斷鑑定技術，建立動植物及其產品風險評估與疫病監控體系，建立我國疫情資料庫、有害生物預警模式及通報系統。
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