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1組織
 組織架構
行政院農業委員會動植物防疫檢疫局（以下簡稱本局）組織，依行政院農業委員會組織條例第六條規定制定。本局置局長 1 人，綜理局務；副局長 2 人，襄助局務；下置主任秘書 1 人，設 6 個業務組與 4 個行政單位。本局另因業務需要，分別設有 [ 動物防疫檢疫諮議委員會 ]、[ 植物防疫檢疫諮議委員會 ] 及[ 動物用藥品技術審議委員會 ] 。本局在國際機場、港口鄰近處設有 4 個分局，分局置分局長及副分局長各 1 人，其下置秘書 1 人，並設 3 個業務課及 4 個行政單位。分局在轄下之交通要衝或農畜水產品主要產銷地區，另設有 16 處檢疫站。
人員編制
本局暨所屬分局法定員額為 533 人，其中本局 141 人，四個分局各 98 人。本年度經行政院核定預算員額(含聘用人員)為466人，其中本局140人，基隆分局為67人，新竹分局為95人，臺中分局為72人，高雄分局為92人。
2功能
本局職司全國動植物防疫、檢疫相關政策、法規之擬定與業務之督導、推動，任務在有效防止動植物疫病蟲害的發生與遏阻已發生者之蔓延，以將疫病蟲害可能導致之損失減至最低；戮力健全防疫檢疫制度，維護國人健康及保健自然生態環境。
總局主要掌理事項
- 動植物防疫檢疫、畜禽屠宰衛生檢查、動物用藥品與衛生資材、獸醫公共衛生等政策、法規、方案、計畫之擬定、執行與督導。
- 植物防疫、檢疫人員與獸醫師之管理政策、法規、方案、計畫之擬定、執行與督導。
- 動植物防疫、檢疫與畜禽屠宰管理科技之研究發展及技術服務。動植物防疫、檢疫及畜禽屠宰管理技術、程序、方法之研議、執行及督導。
- 國內外動植物防疫、檢疫、畜禽屠宰管理等之疫情報告、資訊蒐集、風險分析、技術諮商及諮詢服務。
- 輸出入動物與畜、禽、水產品疫病之精密檢查及處理。
- 輸出入植物與其產品之有害生物之精密檢查及處理。
- 輸出入動植物與其產品之檢疫證明書之簽發、查核、管理及督導。
- 動植物防疫、檢疫及畜禽屠宰管理人員之管理與訓練。
- 其他有關動植物之防疫、檢疫及畜禽屠宰管理事項。
分局主要掌理事項
- 輸出入動植物與其產品及其他動植物檢疫物之檢疫。
- 畜禽屠宰管理事項之執行及督導。
- 動植物及其產品檢疫證明書、畜禽屠宰衛生檢查證明文件及輸出入肉品檢查證明書之簽發、查核及管理。
- 輸出動植物之產地或田間檢疫。
- 動植物疫病蟲害疫情與畜禽屠宰管理資訊之蒐集及報告。
- 協助督導地方農業主管機關辦理動植物防疫及種苗之疫病蟲害檢查。
- 其他有關動植物之防疫與檢疫及畜禽屠宰管理執行事項。
3 聯絡資訊
總局：台北市重慶南路二段51號9樓
TEL：02-23431401 FAX：02-23431400
檢舉專線：0800-039131
E-mail:baphiq@mail.baphiq.gov.tw
基隆分局：基隆市義二路88號
TEL：02-24247363 FAX：02-24247364
檢舉專線：0800-247363
E-mail:klservice@mail.klbaphiq.gov.tw
新竹分局：桃園縣中正機場航勤北路25號
TEL:03-3982663 FAX:03-3982313
檢舉專線：0800-025965
E-mail:hcservice@mail.hcbaphiq.gov.tw
台中分局：台中市國光路250號
TEL：04-22850198 FAX：04-22850136
檢舉專線：0800-060189
E-mail:tcbaphiq@mail.tcbaphiq.gov.tw
高雄分局：高雄市苓雅區海邊路31號5樓
TEL：07-5360070 FAX：07-5360027
檢舉專線：0800-262777
E-mail: khservice@mail.khbaphiq.gov.tw
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